Цитата: Я подавала только заявления о переходе на ЕНВД, на УСН не подавала.
Очень жаль, надо было бы.
Цитата: Выставляла только счета на оплату и акты без НДС.
Задним числом уже точно исправить ничего не получится (в том смысле, что переписать договоры и документы, как будто бы в суммах там был изначально заложен и НДС). Ваши заказчики не пойдут Вам навстречу в этом (разве лишь только те, с кем документы сейчас еще в работе и не включены в отчетность)
Цитата: Проставляла строку компенсация затрат при УСН.
Зачем? Какое отношение к Вам имеет УСН? Что же Вы раньше-то не посоветовались с грамотным специалистом? Предпринимательство - дело серьезное (особенно в части налогообложения) и относиться к нему надо точно так же, иначе приходится слишком дорого оплачивать запоздалые уроки.
Цитата: Что делать не представляю. Получается вся первичка неправильная.
Боюсь, что без бухгалтера-специалиста на месте Вам будет никак не обойтись. Теперь нужно просто брать все акты, которыми закрывали свои работы (смета - это план работ, а результат всегда оформляется актом) и на суммы выручки начислять сверху 18% НДС. Оформлять счета-фактуры, включать в книгу продаж. Если есть какие-то расходные документы с НДС, на которые Вам выдали счета-фактуры Ваши поставщики - включать их в книгу покупок в доле, приходящейся на сделки с ЮЛ. Для этого нужно организовать раздельный учет доходов и расходов ИП при совмещении налоговых режимов.
На основании записей этих двух налоговых регистров (книги покупок и книги продаж) необходимо составить декларации по НДС за каждый квартал. Затем перечислять в бюджет налог и набежавшие пени, потом подавать декларацию (повторюсь - за каждый квартал и строго в электронном виде - в этом особая специфика отчетности по НДС).
Кроме того, нужно заполнить книгу учета доходов и расходов ИП на ОСНО, начислить НДФЛ, налог тоже заплатить вместе с пенями и подать декларацию 3-НДФЛ (по итогам года).
И будут еще штрафы за несвоевременно сданную отчетность. По совокупности очень много доплачивать придется и избежать этого никак не получится. Могу посочувствовать Вам.